Изминали са четири години от първия филм. Кей вече се е завърнал към спокойствието на цивилния живот, докато Джей продължава да работи за "Мъже в черно". Докато преследва привидно рутинно престъпление, Джей разкрива зъл план, ръководен от Серлийна - отвратително Килотианско чудовище. Това е напрегната надпревара с времето, през която Джей, който трябва да убеди Кей, че е единствения жив човек, способен да спаси галактиката. Проблемът е, че Кей няма никакъв спомен за времето прекарано в агенцията.